Работа с PubMed и поиск медицинских научных статей

Данная инструкция составлена для тех, кто только начинает свой путь в медицинской науке и еще не знаком с основными ресурсами для работы с литературой.#nbsp;

Уважаемые коллеги, на сегодняшний день навыки поиска и выделения информации являются одними из определяющих в профессии врача. Каждый день сотнями и тысячами публикуются результаты новых исследований, которые могут помочь вам в вашей повседневной деятельности. В сети вы найдете немало блогов с обзорами статей по разным проблемам, они могут помочь вам ориентироваться в теме, но чтобы не упустить ничего важного, так как блоги ведутся через призму видения автора, необходимо углубиться в сами статьи.#nbsp;

Основная масса данных сегодня публикуется в зарубежных журналах на английском языке. Если вы знаете его на уровне Лондон ис зэ кэпитал оф Грейт Британ, это не значит что вы не можете искать и читать статьи. Нужно знать несколько тонкостей, которые помогут вам ориентироваться в самом начале. Мы подготовили для вас рекомендации по поиску и чтению статей на английском языке.

Первый и самый очевидный совет: делая первые шаги не стесняйтесь пользоваться сайтом translate.google.com. Данная система давно перестала быть просто словарем, ведь ее алгоритмы обучились так, что часто переводят академические статьи не хуже профессиональных переводчиков. Поэтому если вы не знаете как будет по английский то или иное слово, смело спрашивайте это у Google Translate, либо у любой другой программы-переводчика.

Итак, где же искать статьи? К счастью, сегодня не нужно ехать в Москву в библиотеку им. Ленина и заказывать там статьи для их прочтения, как это было в 80-х. Интернет позволяет нам сидя дома в теплых тапочках свободно находить и изучать информацию.#nbsp; Давайте обратимся к одному из самых популярных поисковых сайтов в области медицины: pubmed.gov. Это поисковый модуль статей в области биомедицины и здоровоохранения, работающий по базе данных Medline, PMC (PubMed Central), NCBI Bookshelf. На сегодняшний день в системе зарегистрировано 30 миллионов публикаций и аннотаций с 1966 года, из которых 21,5 миллиона – полнотекстовые статьи, при этом 7,5 миллиона доступны для бесплатного прочтения. Общий охват системы – более 75% всех мировых медицинских изданий.

Перейдем к интерфейсу сайта: набрав в строке поиска браузера pubmed.gov Вы попадаете на сайт, на сегодняшний день имеющий следующий вид:

Внизу вы можете найти наиболее популярные статьи в поисковике на данный момент: “Trending Articles”, а также самые новые статьи в наиболее популярных журналах “Latest Literature”. А также блоки с инструкциями по работе, наиболее популярными вопросами по сайту, поиску, скачивании и т.д.

Для нас наибольший интерес представляет строка поиска, в которую мы должны вписать наш поисковый запрос на английском языке в виде ключевых слов, которые необходимо предварительно определить. Это может быть фамилия автора (инициалы позволяют конкретизировать поиск), название журнала, заболевания, возбудителя, гена, белка, лекарственного препарата и т.д. В алгоритмы системы заложено машинное обучение, благодаря этому нет необходимости подбирать «правильный» поисковый запрос, ключевые слова, которые вы можете использовать для поиска, ограничиваются лишь вашей фантазией.

Итак, давайте попробуем найти работы, связанные со штаммом омикрон. В поисковую строку мы вписываем слово: «Omicron» и кликаем на кнопку «Search» в интерфейсе или нажимаем на кнопку «Enter» на клавиатуре. Открывается следующая страница:

Рассмотрим составляющие страницы, которые выделены на картинке.

Для начала обратимся к инструментам, которые позволяют конкретизировать наш поиск, это блок фильтров и он выделен желтым цветом:

1. «Result by year» — распределение результатов по годам. Мы видим гистограмму, где указано количество статей, подходящих под наш запрос, за каждый год с момента с первой публикации. Мы видим резкий рост статей со словом “Omicron” за 2021 и 2022 год, что объяснимо) Распределение по годам можно скачать в виде таблицы, если нажать на иконку со стрелкой вниз.#nbsp;

Это может вам пригодиться для создания гистограмм в ваших презентациях, чтобы показать интерес к теме, о которой вы рассказываете.#nbsp;

1. «Text availability» — доступность текста. «Abstract» — в результате поиска выдаются только публикации с аннотациями; «Free full text» — публикации с бесплатным доступом к полному тексту статьи; «Full text» — публикации с полным текстом статьи (как платным, так и бесплатным доступом).
2. «Article types» — тип статьи. Можно выбрать из нескольких предложенных: “Books and Documents” — книги и документы, “Clinical Trial” — клинические исследования; “Meta-analysis” — мета-анализы; “Randomized Controlled Trial” — рандомизированные котролируемые исследования; “Review” — обзорные статьи; “Systematic Review” — систематические обзоры. Выбрав тот тип статьи, который вас интересует, вы сможете значительно сузить окно поиска.
3. «Publication dates» — дата публикации. Изначально предлагается выбрать промежутки в 1, 5 или 10 последних лет, однако кликнув на «Custom range», вы можете выбрать конкретный промежуток времени, за который хотите найти интересующую вас статью.

Нажав на кнопку «Additional filters», вы сможете открыть окно дополнительных фильтров, которые могут улучшить ваш поиск. Однако их применение очень ограничено, если авторы статьи не указали в своих публикациях специальные отметки по этим фильтрам. Нужно поставить галочки на нужных и нажать кнопку “Show”.

1. Первым в списке дополнительных фильтров открывается расширенный список выбора типа статьи «Article types».
2. «Species» — вид исследуемых животных. «Human» — человек, «Other animals» — другие животные (если вас интересуют доклинические или ветеринарные исследования).
3. «Languages» — язык. По умолчанию английский, но можно выбрать любой доступный вам язык, однако, скорее всего, публикация на отличном от английского языке не найдется)
4. «Sex» — пол в исследовании. «Female» — женский «Male» — мужской. Если вы ищете исследования по конкретному полу, то этот фильтр для вас.
5. «Journal» — категория журналов. «Core clinical journals» — основные клинические журналы; «Dental journals» — стоматологические журналы; «MEDLINE» — только база данных Medline; «Nursing journal» — журналы для медицинских сестер, и др.
6. «Ages» — возраст. Если вас интересуют исследования в конкретный возрастной промежуток испытуемых.
7. Кнопка “Reset all filters” — позволяет убрать все фильтры.

Теперь разберём блок сортировки и он выделен зелёным цветом. Чтобы открыть возможные варианты сортировки и отображения поисковой выдачи, вам нужно нажать на кнопку “Display options”, после чего откроется окно с вариантами:

1. «Format» — формат отображения публикаций: из всплывающего меню можно выбрать один из вариантов формата, вы можете поэкспериментировать с ними. Однако, по нашему мнению, внимания достойны два формата: «Summary» — выбран по умолчанию, отображает название статьи, авторов и атрибуты публикации в журнале; «Abstract» — ко всему предыдущему добавляется аннотация сразу на поисковой странице.
2. «Sort by» — сортировка статей по следующим параметрам: «Most Recent» — самые свежие публикации; «Best Match» — наиболее подходящие по вашему запросу; «Publication Date» — от новых публикаций к старым; «First Author» — по фамилии первого автора в алфавитном порядке; «Journal» — по названию журнала в алфавитном порядке.
3. «Per page» — сколько статей будет отображаться на одной поисковой странице.

Ну и самый главный блок выделен красным цветом. Это окно поисковой выдачи. Наверху можно увидеть количество найденных публикаций по запросу — “Results”, а также кнопки навигации по страницам.

Присмотримся к любой статье.

Жирным крупным шрифтом выделено название статьи, под которым находится список авторов. Ниже располагается информация о журнале, дате публикации, ссылки на неё, а также doi (цифровой идентификатор объекта, по которому можно обнаружить местонахождение статьи или метаданные о ней). Надпись «Free PMC article» свидетельствует о том, что статья находится в свободном бесплатном доступе. Далее следует урезанная аннотация статьи. Слева от названия можно заметить две кнопки: #nbsp;«Share» — поделиться статьей (можно отправить ссылку в фэйсбук или твиттер), а также «Cite» — нажав на которую, вы откроете меню, где можно получить форму для цитирования статьи по разным стандартам библиографического списка, нажимая на кнопку «Format»:

Откроем статью

Здесь мы опять видим несколько блоков. В синей рамке блок с информацией о публикации. Он повторяет все, что было в окне поиска.#nbsp;

В красной рамке развернутая аннотация статьи.

В зеленой рамке ссылки на полную статью на сайте журнала и на сайте PubMed.

В желтой рамке кнопки навигации по странице (могут меняться в разных статьях), нажав на которые, вы будете перенаправляться на соответствующий подпункт информации:

• «Title and authors» — заглавие и авторы;
• «Abstract» — аннотация;
• «Conflict of interest statement» — информация о конфликте интересов среди авторов;
• «Figures» — изображения из статьи;
• «Update of» — обновление статуса статьи. Эта кнопка появляется на страницах статей, которые были выложены на стадии препринта, и позже были опубликованы в журнале;
• «Similar articles» — похожие статьи. Система предлагает вам схожие статьи в соответствии с алгоритмами сайта;
• «References» — список литературы;
• «Publication types» — тип публикации (статья, препринт и т.д.);
• «MeSH terms» — термины по словарю MeSH;
• «Substances» — вещества, использованные в статье;
• «Supplementary concepts» — дополнительные понятия, вводимые в статье;
• «Related information» — другая, связанная со статьей информация;
• «Grant support» — грант, которым поддержана статья;
• «LinkOut — more resources» — другие полезные ресурсы.

Чтобы открыть полный текст статьи нужно нажать на кнопки в верхнем правом углу. В случае данной статьи вы можете прочитать её бесплатно на сайте журнала, нажав на верхнюю кнопку «ACS publications» или на нижнюю «PMC Free full text», в таком случае статья откроется на внутреннем ресурсе PubMed.

Что же делать если статьи нет в бесплатном доступе?

1) Попросить вашего коллегу, в организации которого подключена подписка на интересующего издателя, скачать вам эту публикацию. На сегодняшний день, как правило, все ВУЗы подключены к крупнейшим ресурсам.

2) Написать письмо автору статьи с просьбой прислать вам ее экземпляр. Если условия соглашения с журналом не противоречат этому, обычно авторы статей без особых проблем присылают полные тексты статей. Главное в письме объяснить для чего вам эта статья и вкратце рассказать о своей работе и как статья на нее может повлиять. Советуем делать это на сайте Researchgate, если у автора есть страница в этой социальной сети.

3) Воспользоваться сайтом, открывающим доступ к закрытым публикациям. Это более кардинальный способ получить полный текст публикации. Журналы всячески борются с такими ресурсами, так как они нарушают их интересы. Однако, такие проекты позволяют большому количеству людей открыть доступ к знаниям. Ведь стоимость полного текста одной публикации может достигать до сотни долларов и не все имеют возможность приобретения таких статей.#nbsp;

Таких ресурсов несколько, однако самый распространенный и известный из них представлен на скрин-шоте. Ссылку на него мы давать не будем, но через любую поисковую систему, вы за три клика сможете найти этот сайт)

Он очень прост и представлен одной страницей, где есть строка поиска и кнопка «Открыть».

В строку поиска вы можете вставить URL адрес, код doi или ссылку PMID (как их найти мы обсуждали выше), или же просто название статьи, предварительно найденной на поисковом ресурсе PubMed (или любом другом) и нажать кнопку «Открыть». Если такая возможность есть (она есть практически всегда), сайт откроет вам PDF файл с полным текстом статьи, которую вы сможете скачать и благополучно прочитать.#nbsp;

Пользоваться этим или нет – выбор каждого, мы не пропагандируем пиратство, просто рассказываем вам о возможностях разных ресурсов)